MT3.1x インストール手順解説

3.01D-ja を使っております。
こちらの導入手順を読んで無事設置でき、楽しく使っております。
ただ、将来カテゴリーの各ページが肥大化することを考え、「カテゴリーページの分割」をしようと思いました。
プラグインを入れて、Category Archive Template に記述をすると、ページが分割されました。
ただ その際、プラグインはファイルの PHP 化が必要で、3.01D-ja では「ウェブログの設定」-「アーカイブの設定」で「アーカイブ・ファイルの拡張子」を「php」に設定することで簡単に PHP ファイルが作られるのですが、ぼくの利用している「SAKURA Internet」のレンタルサーバでは、「スタンダード以上」のタイプで PHP が使えるのですが、実行属性を付けなくてはならないのです。
ページが分割されることを試したときは、FTP ソフトで PHP ファイルを「777」に変更したのですが、FTP ソフトでの変更は「再構築」すると実行属性が消えてデフォルトの「666」に戻ってしまうため、「mt.cfg」の 157 行目の「# HTMLPerms 0777」の「# 」を取って PHP ファイルが「777」で出力されるようにしようと思いました。
ところが、PHP ファイルを作るのが先でも、「# HTMLPerms 0777」の「# 」を取るのが先でも、いっこうにパーミッションが「777」で出力されません。
デフォルトの「666」のままです。
これでは「カテゴリーページの分割」のプラグインが使えません。
「mt.cfg」の 157 行目を変更する以外に何か設定が必要なのでしょうか？
それとも、「アーカイブ・ファイルの拡張子」を「php」に変更して PHP ファイルを作るのではダメなのでしょうか？
（なお、試した後は、バックアップを取っている HTML ファイルに戻しています。）